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lunes, 26 de octubre de 2015

Kilos de a kilo

Artículo publicado originalmente por Brenda Valderrama en la columna "Reivindicando a Plutón" del Sol de Cuernavaca el 26 de octubre de 2015




En México utilizamos el sistema métrico decimal para la medición de distancia, masa y volumen. La característica fundamental del sistema es que una vez definida la unidad, los múltiplos serán con base 10 (por eso decimal). Por ejemplo, para medir masa la unidad es el gramo por lo que un décimo de gramo se llamará decigramo, un centésimo centigramo y un milésimo miligramo. En el otro sentido, diez gramos serán un decagramo, cien gramos un hectogramo y mil gramos un kilogramo.  De todas estas unidades la más común es el kilogramo o, como le decimos cariñosamente, el kilo.

Mucha de nuestra actividad comercial se basa en el intercambio de bienes precisamente en este orden de magnitud, en kilogramos. Con la finalidad de asegurar que todos los kilos sean de a kilo, se han generado estándares o referencias contra las cuales se tienen que calibrar las básculas y balanzas. Los comerciantes deben acceder de manera voluntaria a esta calibración y así generar la confianza de los compradores que no les comprarían si sospecharan que no se llevan su mercancía completa. Ahora, si es difícil asegurar que todas las básculas de un mercado estén correctamente calibradas imaginen el reto de asegurar que todas las básculas del mundo lo estén. Porque un kilo debe ser un kilo en un mercado de Cuernavaca, en uno de Madrid y en uno de Tokio. 

En el Sistema Internacional de Medidas resulta que el kilo es la única unidad que es un artefacto en lugar de ser una propiedad física fundamental y por lo tanto no puede ser replicado en otros lugares del mundo. Es decir, que existe un objeto real (llamado prototipo) que pesa un kilo y contra el que todos los demás kilos del mundo son comparados incluyendo el de tortillería de la esquina. El prototipo internacional del kilogramo data de 1875 cuando la Conferencia Internacional de Pesos y Medidas decide comisionar su fabricación y cuyas siete copias se encuentran bajo la custodia de la Oficina Internacional de Pesos y Medidas en las afueras de París. Físicamente, el prototipo es un cilindro de  39.17 mm de altura fabricado con una aleación de 90% platino y 10% iridio. Su composición le confiere alta resistencia a la oxidación, muy alta densidad (21 veces la del agua), razonables conductividad eléctrica y térmica y baja susceptibilidad magnética. Para garantizar su seguridad se requieren tres diferentes llaves para abrir la bóveda aunque se envían copias certificadas a los diferentes países para ser utilizadas como estándares nacionales  las cuales son calibradas regularmente.

Es precisamente en estas actividades de calibración que comenzaron a detectarse pequeñas desviaciones en la masa de los cilindros, es decir, que a pesar de haber sido calibrados con extrema exactitud y de ser mantenidos bajo dos cubiertas de cristal ya no pesaban un kilo sino que habían acumulado algunos microgramos de masa. Un microgramo corresponde a la mil millonésima parte de un kilogramo, que podrá parecernos muy poco, pero desde el punto de un sistema internacional de calibración la diferencia es suficiente para generarles a los responsables un fuerte dolor de cabeza.

Más aún porque la influencia del kilogramo es insospechada. Unidades de medida como por ejemplo el lumen (que mide la intensidad de la luz de una lámpara) o la caloría (que representa la aportación calórica de los alimentos) dependen indirectamente de la precisión del kilogramo. Si el estándar cambia con el tiempo, tal como ha venido sucediendo, entonces sería necesario redefinir todas sus unidades subordinadas cada 50 años. Por la extrema complejidad de esta situación, desde 1999 se comenzó a considerar la conveniencia de generar un referente para el kilogramo que no dependiera de un objeto sino que pudiera ser generado a partir de una propiedad física fundamental de la materia, las cuales sabemos, no varían con el tiempo ni con el lugar donde se determinen por lo que son universales.

Para evitar resultados tendenciosos, la Conferencia Internacional de Pesos y Medidas solicitó a los científicos especialistas le propusieran al menos dos métodos diferentes para generar la nueva definición de la unidad.  Después de escuchar muchas propuestas se obtuvieron dos métodos ganadores. Uno de ellos, llamado Proyecto Avogadro, propuso fabricar dos esferas gemelas con el mismo peso del prototipo internacional y contar el número exacto de átomos en cada una, esperando que sean iguales. El material de las esferas sería Silicio 28, el mismo elemento que encontramos en la arena y con el que se produce el vidrio. La razón para utilizar silicio es porque los átomos de este material se asocian entre ellos formando cristales perfectos excluyendo cualquier impureza. Es decir, en un cristal de silicio solo hay silicio.

La sola manufactura de las esferas nos habla de la importancia de la misión. El Silicio 28 de la más alta pureza fue producido por el Ministerio Nuclear Ruso en San Petersburgo mediante la transformación de tetrafluoruro de silicio (SiF4) a tetrahidruro de silicio (SiH4) el cual fue trasladado para su conversión a Silicio puro al Instituto Ruso de Materiales Ultrapuros en Nishini-Novgorod. El Silicio 28 fue posteriormente procesado en el Instituto Alemán de Crecimiento de Cristales en Berlín donde durante seis meses lo fundieron y solidificaron repetidamente para remover contaminantes. El cristal de 5 kilogramos de peso fue entonces enviado al Centro Australiano de Óptica de Precisión en Sydney, que es el único laboratorio del mundo que puede fabricar esferas perfectas.

La teoría nos dice que si sabemos la masa y el volumen de la esfera, será posible, utilizando un tercer término llamado Constante de Avogadro, conocer con una precisión de un mil millonésimo el número de átomos.  Hago notar que la precisión de esta propuesta es en el mismo orden de magnitud que el error del prototipo actual del kilogramo, por lo que es viable la solución. El reto queda entonces en definir la Constante de Avogadro, tema que trataremos en la siguiente entrega de esta columna.



lunes, 12 de octubre de 2015

A 30 años del Proyecto del Genoma Humano

Artículo publicado originalmente por Brenda Valderrama en la columna "Reivindicando a Plutón" del Sol de Cuernavaca el 19 de octubre de 2015.





Comencé mis estudios formales en genética molecular a una edad muy temprana en 1982 con la suerte de que justo en esos años se desarrollaran los avances tecnológicos que permitieron, por primera vez, conocer con detalle la composición y funcionamiento del genoma, que es el fin de la disciplina. Recuerdo claramente un taller que organizó el recientemente creado Centro de Investigación en Ingeniería Genética y Biotecnología de la UNAM que posteriormente se transformó en el Instituto de Biotecnología, en el cual se realizaron las primeras prácticas de secuenciación de genes en México.

Los genes son el material donde está impreso el contenido de nuestra herencia.  Físicamente, los genes son largas cadenas compuestas por cuatro bloques o eslabones básicos llamados Adenina, Timina, Citosina y Guanosina (A,T,C y G, respectivamente) y que, de manera equivalente a letras, su secuencia genera palabras y las palabras textos. La correcta lectura de estos textos durante el desarrollo embrionario da lugar a organismos sanos y funcionales. Cualquier cambio en la secuencia o error en  la lectura producen distorsiones en el plan de desarrollo que pueden llegar a causar la muerte del embrión.

En esos tiempos y por algunos años, saber secuenciar genes fue una ventaja laboral y quienes desarrollaban la habilidad eran muy cotizados. Tuve la oportunidad de aprender y para cuando terminé la tesis de maestría incluí mis propias secuencias. La enorme limitación del método era que todo el proceso se realizaba manualmente y el avance era extremadamente lento. Una persona trabajando tiempo completo y contando con un costoso equipamiento, podía secuenciar una extensión equivalente a 1,000 letras por día. Si consideramos que el genoma humano tiene una extensión de 3,200 millones de letras, se hubieran requerido más de tres millones de días de trabajo para secuenciarlo.

Para mediados de los años 80 se desarrolla una tecnología conocida como PCR (Polymerase Chain Reaction o Reacción de Amplificación en Cadena) que vino a revolucionar la genética molecular. Gracias al PCR se logró automatizar la secuenciación de genes y por primera vez se pudo pensar en secuenciar de manera masiva no solo genes sino genomas. Es decir, que se podría contar con la información completa del plan de desarrollo de cualquier organismo.

Por esta época el Dr. Robert Sinsheimer plantea por primera vez la posibilidad de conjuntar esfuerzos para obtener la secuencia del genoma humano. La propuesta comienza a ser considerada como viable por diferentes grupos de especialistas pero ninguna entidad gubernamental, americana o de ningún otro país, decide apoyarla. Gracias a la insistencia del sector científico que continúa realizando foros y presionando a las autoridades, se detona una larga y tortuosa serie de acciones que llevaron a que se reasignaran 4 millones de dólares del presupuesto del Departamento de Energía en 1986 más una asignación directa de fondos por 16 millones de dólares en el presupuesto federal de 1987. Con la tecnología existente en ese momento se considera un plazo de 15 años para la conclusión del proyecto. Para 1990 el Departamento de Energía de Estados Unidos en colaboración con los Institutos Nacionales de Salud de ese país asignan 3 mil millones de dólares de manera conjunta al proyecto lo que le da vida oficial al Human Genome Project, el primer megaproyecto científico del área de biología.

Bajo el liderazgo del US National Center for Human Genome Research (actualmente National Human Genome Research Institute; NHGRI), se orquesta un consorcio multinacional colaborativo dirigido a la secuenciación del genoma humano que llegó a sumar los esfuerzos de más de 2 mil investigadores de todo el mundo. El éxito del proyecto se basó en un fuerte liderazgo de los fundadores que infundieron una sensación general de importancia sobre el proyecto en todos los participantes así como en la voluntad de los investigadores involucrados en ceder sus logros personales al bien colectivo.

Los resultados de las investigaciones se hicieron públicos como borradores en junio de 2000 y febrero de 2001. El proyecto se declara completo el 14 de abril de 2003 con el análisis del 99% de la eucromatina humana al 99.99% de precisión. Uno de los descubrimientos más sorprendentes y que generó una nueva línea de investigación para entender sus consecuencias, es que el número de genes en los humanos es de aproximadamente 20,500, igual que en el ratón y significativamente menor a lo que se esperaba. También se encontró que en los humanos hay repeticiones lineales de fragmentos más frecuentemente de lo que se ha encontrado en otros genomas y que solo una pequeña fracción de las proteínas codificadas resultan ser específicas de vertebrados con lo que se refuerza la hipótesis de la conservación universal de un repertorio básico de proteínas ancestrales.

Con los resultados de este megaproyecto quedó validada la estrategia colaborativa multinacional como la mejor alternativa para el avance científico. Posteriormente se ha comenzado otros megaproyectos en genética molecular como la iniciativa para la Herencia Humana y Salud en África (Human Heredity and Health in Africa, H3Africa) que cuenta con el respaldo de los gobiernos de Estados Unidos y el Reino Unido. De manera concurrente, se lanzó el H3ABioNet, una red de bioinformáticos dedicada a intercambiar experiencia, infraestructura y herramientas para el análisis de datos genómicos en países africanos. Ambas iniciativas aglutinan 61 grupos de investigación de 24 países.

Para finalizar, y en palabras de Francis Collins, director del NHGRI cuando se publica el primer borrador, el genoma humano puede ser considerado como un libro para muchos tipos de lectores: “es un libro de historia que narra la travesía de nuestra especie en el tiempo. Es un manual de construcción de un ser humano que detalla con precisión la composición de cada una de nuestras células. Y es un texto de medicina, con detalles anteriormente inimaginables de donde médicos y fisiólogos pueden obtener un inmenso caudal de conocimiento para prevenir, tratar y curar enfermedades”. Y todo esto es del dominio público para bien de la humanidad.


Información adicional  

Recuentos narrativos de las vicisitudes del Proyecto del Genoma Humano


Datos adicionales sobre el proyecto


Secuencia inicial del genoma humano y su análisis publicado en febrero de 2001


Análisis final del Consorcio para el Genoma Humano




lunes, 5 de octubre de 2015

El Mar ancestral

Artículo publicado originalmente por Brenda Valderrama en la columna "Reivindicando a Plutón" del Sol de Cuernavaca el 5 de octubre de 2015. 




Cuatro Ciénegas es, al mismo tiempo, antigua y muy joven. Como entidad, fue fundada en 1800 con el nombre de Nuestra Señora de los Dolores y Cuatro Ciénegas y es actualmente uno de los 38 municipios de Coahuila en México. Codiciada por su fértil suelo, adquirió un papel preponderante como productor agrícola siendo sitio de uno de los primeros viñedos del país. Físicamente, se localiza en el centro del estado, en las coordenadas 102° 03 '59" longitud oeste y 26° 59 '10" latitud norte, a una altura de 740 metros sobre el nivel del mar. Con una superficie de 10,699.80 kilómetros cuadrados limita al norte con el municipio de Ocampo; al sur con los municipios de Parras y Ramos Arizpe; al este con el de Castaños; al oeste y noroeste con el municipio de Sierra Mojada. Su nombre oficial, Cuatro Ciénegas de Carranza, hace referencia al origen del Presidente General Venustiano Carranza, nacido en esta entidad.

Por otro lado, Cuatro Ciénegas es el único lugar del mundo en el que se encuentran vestigios del mar ancestral. Aquél mar donde se desarrollaron los primeros seres vivos del planeta y que nos podría dar las pistas necesarias para entender el origen de la vida. Insertas en un desierto espectacular, las pozas del Valle de Cuatro Ciénegas deslumbran por su belleza. Por su geología, el Valle se encuentra encerrado entre serranías y a pesar de su escasa lluvia, ha logrado mantener activo un pequeño trozo de mar que se quedó atrapado en su seno por movimientos ocurridos hace 220 millones de años cuando la Pangea se separa para dar lugar a los continentes actuales. Esto significa que el único rastro que queda del material de la Pangea se encuentra en esta localidad y su composición refleja el entorno al que se vieron expuestas las primeras células.

Cuatro Ciénegas es famosa por sus yacimientos de yeso. El yeso es sulfato de calcio hidratado y la mayor parte de los depósitos conocidos provienen de la evaporación de lagos o mares de poca profundidad hace 200 millones de años. La existencia de grandes extensiones de yeso superficial en el Valle es la primera de las claves que indican su origen marino.

La segunda clave es la existencia de especies indígenas de diatomeas, peces, caracoles, tortugas, bacterias y virus que se han adaptado a un entorno aislado dee los cambios del resto del planeta y que han evolucionado más lentamente y en una dirección diferente. Por ejemplo, las pozas de agua de Cuatro Ciénegas contienen miles de virus marinos diferentes a los de estromatolitos continentales provenientes de otros ríos en la misma zona.

Tuve la oportunidad de conocer Cuatro Ciénegas hace algunos años por invitación de la Dra. Valeria Souza, investigadora del Instituto de Ecología de la UNAM. En un viaje realizado con otros investigadores tuvimos oportunidad de conocer más de la geología de la zona localizada sobre la Falla de San Marcos central a la Pangea y que se piensa inició el cataclismo que separó a los continentes actuales.

Como mencionamos al principio, los asentamientos humanos en el Valle son muy recientes por lo que el deterioro ambiental ha sido mínimo a la fecha. Sin embargo, se ha documentado una sobreexplotación de los mantos freáticos desde la zona agrícola de la Laguna que podría ser la causa de un descenso de los niveles de agua en las pozas. Aunque se ha generado una fuerte polémica sobre la causa de este descenso, lo que es cierto es que si no se cuidan las pozas se podría perder el único sitio del planeta donde se encuentran muestras del mar ancestral rico en sulfatos pero sin fosfatos y sin nitrógeno. La falta de estos dos nutrientes vitales ha generado una tensión evolutiva inusual provocando que las bacterias y virus que habitan las pozas sean únicos en el mundo.

Preservar Cuatro Ciénegas no solo es importante para el conocimiento científico de sus especies y posiblemente de cómo se generó la vida en el planeta sino que es una reserva única de biodiversidad que puede ser la clave para la identificación de nuevos antibióticos y otros fármacos. Una buena noticia es que desde 1994 se decretó la conservación de 150,000 hectáreas del Valle que dan esperanza a la mejor administración de los recursos que se encuentran ahí.

La campaña de protección del Valle ha sido impulsada por un grupo de científicos mexicanos y extranjeros. Los argumentos han sido siempre a favor de la conservación de la biodiversidad y también se ha buscado generar opciones productivas para los habitantes de la región que permitan el desarrollo sin afectar en demasía el equilibrio ecológico. No ha sido fácil, pero existe un buen ánimo de que los talleres y actividades científicas en las que se ha involucrado a los niños y niñas de la población cambien su perspectiva a largo plazo y le den otros 200 millones de años de vida a la región.

Información adicional

Artículo de divulgación científica escrito por la Dra. Valeria Souza del Instituto de Biología de la UNAM

En este artículo científico encontrarán evidencia de algunos de los resultados obtenidos en el estudio de la biodiversidad encontrada en la pozas de Cuatro Ciénegas

Catálogo de algunos organismos identificados en el Valle de Cuatro Ciénegas

Un agradecimiento especial a la Dra. Julieta Espinosa del Centro de Investigación en Educación de la UAEM por la foto que ilustra este artículo.